A사는 세무조사 과정에서 연구ㆍ인력개발비(R&D 비용)로 세액공제를 받았던 수억 원을 도로 토해냈다. 연구원으로 일하는 일부 직원들에게 홍보나 영업 업무를 겸직하게 한 데다 한국산업기술진흥협회에 등록한 연구원이 아니라는 사실까지 적발돼서다.
국세청은 이 같은 일을 사전에 예방하기 위해 R&D 비용의 세액공제 여부를 미리 확인해주는 사전심사제도를 시행하기로 했다고 13일 밝혔다.
R&D 비용 세액공제는 정부가 정한 신성장동력ㆍ원천기술 대상에 포함되면 해당 년도에 지출한 개발비를 최대 40%까지 세금에서 감면해주는 제도다. 일반 R&D 비용은 최대 25%까지 감면된다.
R&D 비용은 기업 입장에서 조세 절감효과가 큰 항목으로 꼽힌다. 국세통계연보에 따르면 2018년 기준 3만353개 기업이 2조2,998억원의 세금을 공제받았다.
하지만 세액공제를 신청하는 기업과 이를 검토하는 국세청 사이에 이견이 많고, 국세청의 정기 세무조사에서 세액공제 신청이 잘못된 것으로 확인돼 기업이 가산세를 내는 경우도 적지 않게 발생했다.
주로 △다른 업무를 겸직하는 연구원 인건비 △일반적인 관리ㆍ지원 활동과 관련한 비용 △국고보조금을 재원으로 한 연구개발비를 세액공제 대상에 올린 것 등이 세무조사 과정에서 적발됐다.
새로 도입된 제도는 사전심사를 요청하는 기업이 연구개발보고서, 연구개발비명세서 등을 제출하면 국세청과 한국산업기술진흥원이 검토를 진행한 후 세액공제 여부와 공제 수준을 확정해 알려주는 식으로 운영된다.
심사 결과에 이의가 있는 경우에는 재심사 신청이 가능하고, 심사를 받은 내용에 대해서는 국세청의 신고 내용 확인이나 감면 사후관리 대상에서 제외한다.
국세청 관계자는 “심사 담당자가 주요 검토사항에 대해 충분히 설명하고, R&D 비용 세액공제에 대한 컨설팅도 제공할 예정”이라며 “세무상 불확실성을 줄여 기업의 납세 협력비용도 줄일 수 있다”고 설명했다.
세종=박세인 기자 sane@hankookilbo.com
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