재무부는 올해 개정된 토지초과이득세법이 95년이후의 예정과세나 정기과세분부터 적용되기 때문에 개정법 시행전의 과세분에 대한 불복청구건 처리는 당연히 구법을 적용해야 한다고 15일 밝혔다. 재무부는 토초세법에 대한 헌법불합치 판정이 법개정때까지 구법의 적용을 중지시킨 것이기 때문에 개정법이 시행되는 시점부터 구법을 다시 적용할 수 있다고 밝혔다. 재무부는 개정된 토초세법이 기존에 과세된 납세자처리를 위한 경과규정을 두지 않아 현재 법원에 계류중인 토초세관련 행정소송의 경우 적용할 법률조항이 없다는 지적에 대해 이같이 해명했다.
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