헌법불합치결정이란 단순히 헌법에 합치하지 않는다는 위헌선언에 그치고 위헌무효로서 법조항을 폐기하여야 할 상태까지 이르지 않는 결정으로 변형결정의 하나다. 변형결정에는 이외에 한정합헌 한정위헌 일부위헌등이 있다. 헌법재판소가 이같은 변형결정을 내리는 이유는 전면적인 위헌 또는 한정위헌 결정이 경우에 따라서 법적 공백상태를 초래, 예측불허의 정치적 사회적 혼란을 야기할 수도 있기 때문이다.
이같은 부작용을 최소화하기 위한 최선의 방법으로 선택한 것이 바로 변형결정이며 독일등 헌법재판을 하고 있는 선진국가에서도 이를 인정하고 있다.
헌법불합치결정이 내려질 경우 위헌결정때처럼 선고와 동시에 법의 효력이 자동상실되는 것은 아니지만 법의 적용과 시행은 일체 중지되며 형식적 존속만 인정받게 된다. 따라서 관계당국은 결정의 취지에 따라 위헌조항을 개정하거나 대체입법이 마련돼야 하므로 사실상의 위헌에 해당한다고 볼 수 있다.
헌재가 지금까지 헌법불합치결정을 내린 예는 이날 토초세결정과 89년9월 국회의원선거법 제33조 제34조, 91년3월 지방의회선거법 제36조 제1항에 대한 결정등 모두 4건이다.
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