현재 시행되고 있는 종합토지세제는 누진세율의 적용과 조세부담의 전가로 인해 임대료상승·기업이윤율 저하·필지의 소규모화에 따른 토지 이용의 효율성저하 등 각종 부작용을 일으킬 우려가 있는 것으로 지적되고 있다.전경련 부설 한국 경제연구원은 29일 「종합토지세의 문제점과 개선방안」에 관한 보고서를 통해 이같이 지적하고,이러한 부작용을 해소하기 위해서는 현행 누진구조를 전면철폐하여 모든 토지에 동일한 세율을 적용하거나 지역별로 상이한 단일세율을 적용하는 방안이 장기적으로 검토돼야 한다고 주장했다.
또 현행 종토세제는 지방정부의 과세자주권을 침해,지방자치제 실시를 앞둔 지방정부의 재정자립을 저해하고 있는 것으로 지적됐다.
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